A ANEC Jovem é um braço da ANEC Baixada Santista para congregar jovens de todas as escolas católicas, com o objetivo de organizar uma agenda comum de atividades para integração desses estudantes e para que sejam protagonistas no processo de formação cristã. A ideia de instituir a ANEC Jovem nasceu durante os encontros da ANEC Baixada Santista, em 2017. As reuniões acontecem mensalmente para a estruturação de ações de relacionamento e encontros entre esses grupos de jovens, com participação de estudantes de Ensino Fundamental e Ensino Médio.