Os  grupos de pesquisa do Programa de Educação da Universidade Católica de Santos integram a matriz curricular dos cursos de Mestrado e Doutorado. São espaços destinados ao debate coletivo sobre as investigações em curso, cujo objetivo é o fortalecimento das linhas de pesquisa do Programa. 

Pedagogia Crítica: Práticas e formação
Sob coordenação da Profª. Drª. Maria Amélia do Rosário Santoro Franco, investiga a prática pedagógica com foco na formação de professores do ensino superior e da educação básica, e na pesquisa-ação colaborativa. Propõe a criação de espaços colaborativos que permitam criar condições de participação e de disponibilidade do professor para conhecer e transformar os sentidos de suas práticas, utilizando e ressignificando os conhecimentos didáticos, e ampliar a produção de conhecimentos sobre a pesquisa colaborativa.

Currículo e Formação de Professores: Diálogo, conhecimento e justiça social
Sob coordenação do Prof. Dr. Alexandre Saul, integra pesquisadores que investigam a influência do pensamento de Freire na educação brasileira, na perspectiva de sua reinvenção. Tem como temáticas a análise de políticas e práticas de educação comprometidas com os princípios da educação emancipadora, focalizando os conceitos de diálogo, conhecimento e justiça social.

Instituições de Ensino, Políticas e Práticas Pedagógicas
Coordenado pela Profª. Drª. Maria de Fátima Barbosa Abdalla, reúne participantes que desenvolvem pesquisas que analisam as políticas e os processos de gestão de instituições educacionais com base na análise da formulação e implementação de diretrizes legais, documentos oficiais, programas e projetos de governo. Considera o processo de (re)significação, releitura e (re)interpretação encetado por profissionais de Educação, frente ao arcabouço normativo.

Políticas Públicas em Educação: Trabalho e formação
Com a coordenação da Profª. Drª. Ivanise Monfredini, estuda as políticas públicas em Educação e sua relação com trabalho e formação; e processos de formulação e implementação de políticas educacionais, considerando-os na sua relação com a cultura e o trabalho. Atualmente, as pesquisas desenvolvidas abordam Estudos Comparados em Políticas de Ensino Superior, Ciência e Tecnologia, Políticas de Ensino Superior no Brasil e América Latina, Relação Universidade-Sociedade e Políticas Educacionais no Brasil.