A maioria dos edifícios das fortalezas da Ilha catarinense foi construída no século XVIII, utilizando materiais e técnicas construtivas diversificadas. Deste conjunto, alguns edifícios, como a Capela, estão totalmente desaparecidos. As construções de maior destaque estão na ilha de Anhatomirim, como o imponente Quartel da Tropa e a Portada, cujo desenho de influência oriental é único na arquitetura das fortificações brasileiras, e a escadaria principal feita em mármore português.

Além dos edifícios, as fortalezas ainda possuem outros elementos construtivos, como muralhas, guaritas e túneis, elementos projetados para aperfeiçoar as defesas da Fortaleza, além baterias de canhões, terraços, escadarias e porto de embarcações.

Todas as fortalezas apresentavam basicamente um mesmo programa de necessidades, isto é, a utilidade de cada edifício era comum em todas elas: Portada, Casa da Guarda, Casa do Comandante e Oficiais, Quartel da Tropa, Paiol da Pólvora, Casa da Palamenta, Casa da Farinha, Cozinhas e Fonte de Água.

Em Anhatomirim, é possível encontrar também o Armazém da Praia, a Casa dos Remeiros e a Capela. Apesar da uniformidade, a implantação desses edifícios do ponto de vista espacial foi bastante diversa em cada uma das fortalezas. No forte de Santa Cruz, por exemplo, observa-se uma distribuição mais espalhada das construções.

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